Situada sobre la margen derecha del valle del río Girona, esta cavidad es célebre por su dilatada historia, ya que fue utilizada como refugio por el hombre paleolítico hace más de cien mil años. Desde aquellos remotos tiempos hasta nuestros días, han quedado numerosos vestigios del uso y paso del ser humano por allí.
De la Era Paleolítica corresponde el osario de su interior, con restos óseos de grandes mamíferos. Hace cinco mil años, la galería albergó enterramientos neolíticos de los pobladores del valle. Posteriormente, en época Íbero-Romana, la cavidad fue utilizada como santuario donde se depositaban ofrendas y se celebraban rituales, generalmente vinculados a la fertilidad y el culto a la tierra.
A principios del siglo XVIII, la cueva era considerada muy grande y aún no se le había encontrado fin. Durante ese siglo se documentaron las primeras expediciones para explorar sus dimensiones. En 1768, un grupo de vecinos, tras explorarla, encontró en su interior los restos óseos de 12 personas, presumiblemente agricultores musulmanes de época medieval que quedaron atrapados y murieron mientras trabajaban en obras de captación de agua. Este suceso fue recogido por Cavanilles hacia el año 1795.
Este hallazgo dio nombre a la cueva y pasó al folclore popular como leyenda, engrandeciendo historias de reyes moros, tesoros y princesas.
Más recientemente, durante la Guerra Civil Española, fue utilizada como almacén de explosivos. La cueva ha sido muy visitada desde principios del siglo por veraneantes y habitantes del pueblo en fechas señaladas como la Pascua. En los años sesenta fue urbanizada y abierta al público como cavidad turística.